Descripción y análisis de mortalidad a corto y medio plazo en una unidad de cuidados respiratorios intermedios: nuestra experiencia / Pdescription and analysis of short and medium-term mortality in an intermediate respiratory care unit: our experience

Objetivo: Describir y analizar la mortalidad de los pacientes que ingresan en nuestra UCRI, tanto durante el ingreso en dicha UCRI, como a lo largo de toda la estancia hospitalaria, y a los 3 y 6 meses del alta hospitalaria. Metodología: Estudio prospectivo de 380 pacientes, no Covid, ingresados en nuestra UCRI, destinada al tratamiento del fallo respiratorio agudo con VMNI, a lo largo de año y medio de actividad. Se recogieron datos demográficos, índice de Charlson modificado (m), tipo de fallo respiratorio, servicio de pertenencia, días de estancia en UCRI y la mortalidad tanto en UCRI como hospitalaria, y a los 3 y 6 meses del alta del hospital. Resultados: El 55% eran varones con una edad media de 71 años y un índice de Charlson (m) de 6,4. La mortalidad en UCRI fue del 16.4% y la intrahospitalaria del 27%, relacionándose ambas con la edad, el índice de Chalson (m), el servicio de pertenencia y el fallo respiratorio hipoxémico. Tras el alta hospitalaria, la supervivencia a los tres meses fue del 83,6% y a los 6 meses del 75,5% relacionándose ambas con la edad y el índice de Charlson (m). Conclusiones: Las UCRIs son útiles en el tratamiento del fallo respiratorio agudo en pacientes con alta carga de comorbilidad, permitiendo a tales pacientes tener una elevada supervivencia a medio plazo tras el alta hospitalaria. (AU)

Objective: describe and analyze the mortality of patients admitted to our IRCU, both during admission to said IRCU, and throughout the entire hospital stay, and 3 and 6 months after hospital discharge. Methodology: prospective study of 380 non-Covid patients admitted to our IRCU, intended for the treatment of acute respiratory failure with NIV, over a year and a half of activity. Demographic data, modified Charlson index (m), type of respiratory failure, service affiliation, days of stay in the IRCU, and mortality both in the IRCU and in hospital, and at 3 and 6 months after hospital discharge were collected. Results: 55% were men with a mean age of 71 years and a Charlson index (m) of 6.4. Mortality in the IRCU was 16.4% and in-hospital mortality was 27%, both being related to age, the Chalson index (m), the service to which they belong, and hypoxemic respiratory failure. After hospital discharge, survival at three months was 83.6% and at 6 months was 75.5%, both related to age and the Charlson index (m). Conclusions: IRCU are useful in the treatment of acute respiratory failure in patients with a high burden of comorbidity, allowing such patients to have a high medium-term survival after hospital discharge. (AU)

Alteraciones de la expresión génica en la infección por SARS-CoV-2 en distintos modelos de estudio / Alterations of gene expression in SARS-CoV-2 infection in different study models

Objetivo: La pandemia por SARS-CoV-2 ha supuesto un auténtico reto para el mundo científico debido a la rápida transmisión y elevada mortalidad que produce este nuevo coronavirus. La enfermedad asociada se ha denominado COVID-19 y abarca desde casos asintomáticos hasta graves que evolucionan rápidamente a síndrome de distrés respiratorio agudo, alteraciones multisistémicas y la muerte. La comunidad científica ha aunado esfuerzos para tratar de conocer mejor el proceso fisiopatológico de la infección con la intención de combatir de forma más eficaz la enfermedad. En este trabajo presentamos un estudio para conocer las alteraciones de la expresión génica provocadas por la infección. Metodología: Se han usado tres modelos de estudio distintos: cultivos de células epiteliales bronquiales, organoides de las vías respiratorias y muestras obtenidas de autopsias en pacientes, con y sin infección por SARS-CoV-2. Se han analizado los perfiles de expresión alterados por la infección en cada modelo, así como las categorías funcionales enriquecidas. Resultados: Solo 4 genes son comunes en los tres tipos de modelos de estudio, siendo el modelo de autopsias el más dispar. Dentro de los genes comunes en los modelos de cultivo celular y organoide de pulmón encontramos funciones relacionadas con procesos inflamatorios. Conclusiones: Los estudios in vitro son un buen modelo para tener una foto fija de las alteraciones en los patrones de infección, mientras que las autopsias no son un buen modelo debido al sesgo provocado por la necrosis. (AU)

Short summary: Three different study models have been used to study the gene expression profiles produced by SARS-CoV-2: bronchial epithelial cell cultures, airway organoids, and autopsy samples from patients with and without SARS-infection. CoV-2. Basis: The SARS-CoV-2 pandemic has been a real challenge for the scientific world due to the rapid transmission and high mortality caused by this new coronavirus. The associated disease has been named COVID-19 and ranges from asymptomatic to severe cases that rapidly progress to acute respiratory distress syndrome, multisystem disorders, and death. The scientific community has joined efforts to try to better understand the pathophysiological process of the infection with the intention of combating the disease more effectively. In this work we present a study to determine the alterations in gene expression caused by the infection. Methods: Three different study models have been used: bronchial epithelial cell cultures, airway organoids, and samples obtained from autopsies in patients with and without SARS-CoV-2 infection. The expression profiles altered by the infection in each model have been analyzed, as well as the functional categories enriched. Results: Only 4 genes are common in the three types of study models, the autopsy model being the most disparate. Within the common genes in cell and organoid culture models of the lung, we find functions related to inflammatory processes. Conclusions: In vitro studies are a good model to have a snapshot of alterations in infection patterns, while autopsies are not a good model due to bias caused by necrosis. (AU)

Recursos y propuestas de mejora en el manejo de la Apnea Obstructiva del Sueño en Andalucía / Resources and proposals for improvement in the management of obstructive sleep apnea in Andalusia

Título abreviado: Se exponen los recursos asistenciales del Sistema Sanitario Público de Andalucía relacionados con el diagnóstico, tratamiento y seguimiento de los pacientes con apnea obstructiva del sueño. Igualmente se describen propuestas para una optimización en el manejo de esta entidad enfatizando la necesidad de recursos y colaboración entre diferentes niveles asistenciales. Objetivo: Determinar en el Sistema Sanitario Público de Andalucía (SSPA) los recursos actuales en la apnea obstructiva del sueño (AOS) e identificar propuestas de mejora. Método: Estudio transversal, basado en encuestas realizadas en 49 hospitales del SSPA. Se registraron variables relacionadas al diagnóstico, tratamiento y seguimiento de la AOS, distinguiendo entre centros que realizaban polisomnografía y los que no. Incluimos un apartado sobre propuestas de mejora. Resultados: Un 97% de los centros realizan poligrafía y un 29% polisomnografía, y sólo el 39,5% disponen de consulta específica. La demora diagnóstica para la poligrafía es de 169 ± 163,4 días y para la polisomnografía de 173 ± 152,5 días. Se realizan un total de 1.113 ± 1.004,6 pruebas por 100.000 habitantes y año, de ellas 235 ± 166,2 son poligrafías diagnósticas. La presión eficaz se titula en un 49% con auto-CPAP y el control terapéutico lo realiza frecuentemente la empresa suministradora (77%). Entre las propuestas de mejora, destacan la falta de un protocolo de derivación y coordinación entre diferentes niveles asistenciales (90% de los encuestados), y la demora diagnóstica, atribuible en un 63% de los casos al déficit de recursos físicos y de personal. Conclusión: El número de pruebas diagnósticas aún son insuficientes y la demora diagnóstica es excesiva. Sobre todo, en el control terapéutico la empresa suministradora tiene un papel relevante. Se propone la realización de protocolos entre diferentes unidades asistenciales y aumentar los recursos actuales. (AU)

Short title: The healthcare resources of the Andalusian Public Health System related to the diagnosis, treatment and follow-up of patients with obstructive sleep apnea are presented. Proposals for optimizing the management of this entity are also described, emphasizing the need for resources and collaboration between different levels of care. Objective: Determine the current resources in the Public Health System of Andalusia (SSPA) in obstructive sleep apnea (OSA) and identify proposals for improvement. Method: Cross-sectional study, based on surveys conducted in 49 SSPA hospitals. Variables related to the diagnosis, treatment, and follow-up of OSA were recorded, distinguishing between centers that performed polysomnography and those that did not. We include a section on proposals for improvement. Results: 97% of the centers perform polygraphy and 29% polysomnography, and only 39.5% have a specific consultation. The diagnostic delay for polygraphy is 169 ± 163.4 days and for polysomnography 173 ± 152.5 days. A total of 1,113 ± 1,004.6 tests are performed per 100,000 inhabitants per year, of which 235 ± 166.2 are diagnostic polygraphs. The effective pressure is titrated in 49% with auto-CPAP and therapeutic control is frequently carried out by the supplying company (77%). Among the proposals for improvement, the lack of a protocol for referral and coordination between different levels of care (90% of those surveyed), and the diagnostic delay, attributable in 63% of cases to the lack of physical and personnel resources, stand out. Conclusion: The number of diagnostic tests are still insufficient and the diagnostic delay is excessive. Above all, in therapeutic control, the supplier company has a relevant role. It is proposed to carry out protocols between different care units and increase current resources

Nuevos biomarcadores de cáncer de pulmón basados en miRNA / [New biomarkers of lung cancer based on miRNA]

Objetivo: Determinar si existen diferencias de expresión entre los miRNA de tejido sano y tumoral de adenocarcinoma de pulmón y carcinoma epidermoide de pulmón, con lo que podrían ser usados como biomarcadores. Material y métodos: Se ha extraído y secuenciado el miRNA de tejido tumoral y sano adyacente de muestras de adenocarcinoma y carcinoma epidermoide de dieciséis pacientes intervenidos en el Hospital Regional de Málaga. Esas secuencias se han analizado con un flujo de trabajo bioinformático específico que conlleva varios pasos: 1o) preprocesar las lecturas, 2o) mapearlas sobre el genoma humano de referencia, 3o) determinar la expresión de los miRNA en cada una de las muestras, 4o) calcular su expresión diferencial entre el tejido sano y el tumoral de cada paciente, 5o) realizar un análisis funcional de los miRNA encontrados. Resultados: Hemos analizado los miRNA con expresión diferencial en cada uno de los tipos histológicos estudiados. El análisis del adenocarcinoma y carcinoma epidermoide de pulmón ha dado como resultado un total de 82 y 360 miRNA diferencialmente expresados (miDE), respectivamente. Hemos encontrado 50 miRNA comunes a los dos tipos histológicos, y su análisis funcional indica que están implicados en el crecimiento, desarrollo y movimiento celular, que se produce tanto en la célula normal como en el cáncer. Conclusiones: Los miDE encontrados son una fuente de biomarcadores, al tener una reprogramación específica en cáncer, y ser obtenibles de forma no invasiva. (AU)

Objective: Determine if there are differences in expression between the miRNAs of healthy and tumor tissue of lung adenocarcinoma and squamous cell carcinoma of the lung, with which they could be used as biomarkers. Material and methods: miRNA has been extracted and sequenced from tumor and adjacent healthy tissue from samples of adenocarcinoma and squamous cell carcinoma from sixteen patients operated at the Regional Hospital of Malaga. These sequences have been analyzed with a specific bioinformatic workflow that involves several steps: 1st) preprocessing the reads, 2nd) mapping them onto the reference human genome, 3rd) determining the expression of the miRNAs in each of the samples, 4th) calculate its differential expression between the healthy and tumor tissue of each patient, 5th) perform a functional analysis of the miRNAs found. Results: We have analyzed the miRNAs with differential expression in each of the histological types studied. Analysis of adenocarcinoma and squamous cell carcinoma of the lung has resulted in a total of 82 and 360 differentially expressed miRNAs (miDE), respectively. We have found 50 miRNAs common to the two histological types, and their functional analysis indicates that they are involved in cell growth, development and movement, which occurs both in normal cells and in cancer. Conclusions: The miDEs found are a source of biomarkers, as they have a specific reprogramming in cancer, and are obtainable non-invasively. (AU)

Estudio de la desregulación de los transposones en el carcinoma epidermoide, el adenocarcinoma y el carcinoma microcítico de pulmón: en busca de nuevos biomarcadores / Study on the deregulation of transposons in squamous cell carcinoma, adenocarcinoma and small cell carcinoma of the lung: in search of new biomarkers

OBJETIVO: Determinar si existen biomarcadores entre los transposones, tanto para diagnóstico como pronóstico de adenocarcinoma, carcinoma epidermoide y carcinoma microcítico de pulmón, así como valorar diferencias y similitudes entre estos tres tipos histológicos. MATERIAL Y MÉTODOS: Se ha secuenciado el RNA total del tejido tumoral y sano adyacente de muestras de adenocarcinoma y carcinoma epidermoide de dieciséis pacientes intervenidos en el Hospital Regional de Málaga. En el caso del carcinoma microcítico, se han utilizado pacientes externos cuyos datos proceden de los repositorios genómicos disponibles para la comunidad científica. Esas secuencias se han analizado con un flujo de trabajo bioinformático específico que conlleva varios pasos: 1º) Preprocesar las lecturas, 2º) Mapearlas sobre el genoma humano de referencia, 3º) Determinar la expresión de los transposones en cada una de las muestras, y 4º) Calcular su expresión diferencial entre el tejido sano y el tumoral de cada paciente. RESULTADOS: En un primer paso, hemos analizado los transposones con expresión diferencial en cada uno de los tipos histológicos estudiados por separado. El análisis del adenocarcinoma, carcinoma microcítico y carcinoma epidermoide de pulmón ha dado como resultado un total de 7, 72 y 12 transposones diferencialmente expresados (TDE), respectivamente. Hemos encontrado transposones comunes a los tres tipos histológicos y otros cuyo comportamiento es específico en cada uno de ellos. CONCLUSIONES: Los transposones se reprograman específicamente cuando una célula normal del pulmón se vuelve cancerosa. Esta reprogramación es una fuente de biomarcadores que podría ayudar al diagnóstico precoz del cáncer

OBJECTIVE: To determine whether biomarkers exist among transposons for both the diagnosis and prognosis of adenocarcinoma, squamous cell carcinoma and small cell carcinoma of the lung, as well as to evaluate differences and similarities between these three histological types. MATERIAL AND METHODS: The total RNA was sequenced for the tumor tissue and adjacent healthy tissue in adenocarcinoma and squamous cell carcinoma samples from sixteen patients being treated at the Hospital Regional de Málaga. In the case of small cell carcinoma, external patients were used whose data came from genomic repositories available to the scientific community. These sequences were analyzed with a specific bioinformatic workflow which includes several steps: 1) Pre-process readings, 2) Map them on the reference human genome, 3) Determine transposon expression in each of the samples, and 4) Calculate the differential expression between the healthy and tumor tissue in each patient. RESULTS: In the first step, we analyzed the transposons with differential expression in each of the histological types studied separately. The analysis of adenocarcinoma, small cell carcinoma and squamous cell carcinoma of the lung has resulted in a total of 7, 72 and 12 differentially expressed transposons, respectively. We found transposons common to all three histological types and others whose behavior is specific to each type. CONCLUSIONS: Transposons are specifically reprogrammed when a normal lung cell becomes cancerous. This reprogramming is a source of biomarkers that could help with the early diagnosis of cancer

Potencial uso biomarcador de los retrotransposones en el adenocarcinoma de pulmón / Potential use of retrotransposons as a biomarker in lung adenocarcinoma

HIPÓTESIS Y OBJETIVO: partiendo de la hipótesis de que la reprogramación de los transposones en el cáncer nos puede orientar sobre su desarrollo, en este trabajo se pretende determinar qué transposones podrían servir de biomarcadores con futuros propósitos diagnósticos y pronósticos. Material y métodos: a partir de muestras congeladas de biopsias de adenocarcinoma de pulmón, se ha secuenciado ARN total del tejido tumoral y sano adyacente de ocho pacientes intervenidos en el Hospital Regional de Málaga. Se han analizado con un flujo de trabajo bioinformático específico que cuantifica y proporciona la expresión diferencial de los transposones cuando se compara el tejido sano y tumoral de cada paciente. Resultados: en este trabajo prospectivo, el nivel de transposición global no cambia entre el pulmón sano y el adenocarcinoma. Se han identificado siete transposones con expresión diferencial significativa: cinco se sobreexpresan en las células del adenocarcinoma y los otros dos se sobreexpresan en las células sanas del pulmón. Todos los que son de la clase de retrovirus endógenos humanos (HERV) tienen un gran potencial como biomarcador al reprogramarse de la misma forma en todos los pacientes. Conclusión: el nivel de transposición en el cáncer de pulmón no está desregulado, sino reprogramado, y los transposones afectados por la reprogramación podrían considerarse biomarcadores en potencia

HYPOTHESIS AND OBJECTIVE: transposon reprogramming can be related to cancer development. The aim of this study is to determine the role of transposons in lung cancer and evaluate the posible role of transposon as a diagnostic and pronostic biomarkers in lung cáncer. MATERIAL AND METHODS: total RNA from lung adenocarcinome was sequenced. We analized RNA from tumor and adyacent healthy tissue from eight patients. By using a specific software the differential expression of the transposons in healthy and tumor tissue was analyzed in each patient. RESULTS: this prospective study shows that in our population, the overall transposition level does not change between the healthy and lung adenocarcinoma tissue. Seven transposons with significative differential expression have been found. Five were upregulated in adenocarcinoma cells, and the other two were upregulated in healthy lung cells. Those that belong to the human endogenous retroviruses (HERV) class show a high biomarker potential since they are reprogrammed in the same way in all patients. CONCLUSION: the transposition level in lung cancer is not deregulated but reprogrammed. Transposons affected by the reprogramming may be considered as potential biomarkers

Análisis descriptivo de 10 años de broncoscopia terapéutica intervencionista / 10-year descriptive analysis of therapeutic interventional bronchoscopy

Objetivo: Describir nuestros casos en el campo de la broncoscopia terapéutica intervencionista después de 10 años de experiencia Materiales y métodos: Hemos recogido historia, tipo de patología traqueobronquial, técnicas, resultados y complicaciones Resultados: Fueron incluidos 186 pacientes (113 hombres y 73 mujeres), con edad media de 51,3 años (rango 8 - 86). Se han realizado 320 procedimientos o técnicas sobre ellos. Indicaciones del procedimiento: estenosis benigna de la vía aérea 45,69% (85/186), estenosis maligna 41,93 % (78/186), fistula traqueoesofágica y broncopleural 5,91% (11/186), extracción de cuerpo extraño con broncoscopio rígido 4,3% (8/186) y 3 casos de hemoptisis amenazante. La estenosis benigna secundaria a intubación seguida por la post traqueostomia fueron las más comunes, 35,29% (30) y 34,11% (29) respectivamente. Entre las lesiones malignas, 63 casos (80,76%) estaban localizados en el pulmón, de estos, el carcinoma broncogenico, 60 de 78 pacientes, era el más frecuente y 3 tumores carcinoides. El 19,23% restante (15/78) no eran tumores broncopulmonares. La técnica más usada ha sido el láser en 100 casos, dilatación neumática en 65, endoprótesis 53 (35 metálicas y 18 silicona), electrocirugía en 50, resección mecánica en 45 pacientes, 3 sellados de fístulas y 3 oclusiones con balón por hemoptisis. El procedimiento combinado más empleado fue la resección laser más dilatación neumática. Complicaciones intraoperatorias en 11 casos (4,8%) y tardías en 4 (2,15%). Todos los pacientes (100%) mejoraron de sus síntomas después del procedimiento. Conclusiones: La broncoscopia terapéutica intervencionista es un procedimiento seguro y efectivo en el manejo de las lesiones de la vía aérea

Objective: To describe our cases in the field of therapeutic Interventional Bronchoscopy after 10 years of experience. Materials and Methods: We collected history, type of Tracheobronchial Pathology, technique, results and complications. Results: Were they performed 186 (113 male and 73 female) patients with mean age 51.3 years (range: 8-86). Had 320 procedures or techniques performed on them. Indications for the procedure: benign airway stenosis 45,69% (85/186), malignant stenosis 41.93% (78/186), tracheoesophageal and bronchopleural fistulas 5.91% (11/186), foreign bodies extracted with rigid bronchoscope 4.3% (8/186), and 3 cases of threatening hemoptysis. Among the benign stenosis secondary to intubation followed by the post-tracheotomy were the most common, 35.29% (30) and 34.11% (29) respectively. Between malignant lesions, 63 cases (80,76%) had home lung, of these, carcinoma, bronchogenic, 60 of 78 patients, was the most frequent and 3 carcinoid tumors. The rest 19,23% (15 / 78) were non bronchopulmonary tumors. The most used techniques have been laser in 100 cases, pneumatic dilatation in 65, Endoprosthesis 53 (35 metal and silicone 18), electrosurgery in 50, mechanical resection in 45 patients, 3 fistulas sealments and 3 occlusion balloon by hemoptysis. The most employed combined procedure was resection laser and mechanics more pneumatic dilation. Intraoperative complications in 11 cases (4.8%) and late in 4 (2.15%). All patients (100%) improved their symptoms after the procedure. Conclusions: The therapeutic interventionist bronchoscopy is a safe and effective procedure in the management of injuries in the airways)

La influencia del tabaquismo en los elementos genéticos móviles / The influence of smoking habit on mobile genetic elements

Se sabe que el tabaco produce alteraciones en distintas partes del organismo que conllevan la aparición del cáncer. Los retrotransposones parecen estar implicados tanto en el inicio como en la evolución de esta enfermedad. Se ha visto que también contribuyen a que determinados tratamientos contra el cáncer, como la inmunoterapia, dejen de ser eficaces. En este trabajo analizamos cómo se ven afectados los elementos genéticos móviles por los distintos compuestos presentes en el tabaco (AU)

It is known that smoking causes alterations in different parts of the body that entail appearance of cancer. The retrotransposons seem to be involved both at the onset and in the evolution of this disease. It has also been seen that they contribute to the fact that certain treatments against cancer, such as immunotherapy, stop being effective. In this work, we analyze how the mobile genetic elements are affected by the different compounds present in tobacco (AU)